L'acqua dura contiene alte concentrazioni di calcio, magnesio e altri sali minerali che, quando riscaldati ed evaporati, possono formare depositi di calcare sulle superfici degli scambiatori di calore del condensatore raffreddato ad acqua. Nel tempo, queste incrostazioni agiscono come una barriera isolante tra l'acqua di raffreddamento e le superfici metalliche del condensatore, compromettendo l'efficienza dello scambio termico. Man mano che le incrostazioni si ispessiscono, è necessaria più energia per ottenere lo stesso effetto di raffreddamento, con conseguente riduzione dell’efficienza del sistema, costi operativi più elevati e maggiore usura del sistema. L'accumulo di calcare può anche portare a una ridotta capacità di flusso all'interno del condensatore, con conseguente aumento della pressione e della temperatura. Per combattere questi effetti, molti condensatori raffreddati ad acqua utilizzano addolcitori che rimuovono gli ioni di calcio e magnesio o utilizzano sostanze chimiche anticalcare per inibire la formazione di calcare.

La qualità dell'acqua con livelli di pH estremi (troppo acidi o troppo alcalini) può portare alla corrosione dei componenti metallici dell'acqua condensatore raffreddato ad acqua . L'acqua a pH basso (acida) può causare l'ossidazione delle superfici metalliche, causando ruggine e indebolendo l'integrità strutturale del condensatore, mentre l'acqua a pH elevato (alcalina) può causare corrosione alcalina, che distrugge le superfici metalliche. La presenza di cloruri, spesso presenti nell'acqua di mare o nell'acqua di raffreddamento industriale, può accelerare la corrosione per vaiolatura, causando danni localizzati. Per prevenire la corrosione, l'acqua deve essere trattata per mantenere un intervallo di pH ottimale, in genere compreso tra 7 e 8,5, ideale per prevenire la corrosione sia acida che alcalina. Gli inibitori della corrosione, come fosfati, composti di zinco o silicati, sono comunemente usati insieme a regolari test dell'acqua per garantire che la qualità dell'acqua sia entro limiti tollerabili.

Le fonti d'acqua che contengono sedimenti, sporco o altre particelle possono causare intasamenti e blocchi all'interno dei sistemi di tubazioni e scambiatori di calore del condensatore raffreddato ad acqua. Queste particelle solide possono ostruire il flusso dell'acqua, riducendo la sua capacità di portare via il calore dal condensatore. Il flusso ridotto aumenta la pressione all'interno del condensatore e ne diminuisce l'efficienza complessiva di raffreddamento. Nel corso del tempo, l'accumulo di sedimenti può portare all'usura abrasiva dei componenti interni, aumentando ulteriormente le esigenze di manutenzione e il rischio di guasti. Per mitigare questi problemi, nei punti di ingresso dell'acqua vengono generalmente installati sistemi di filtraggio o filtri per catturare le particelle di grandi dimensioni prima che entrino nel condensatore. Questi sistemi sono progettati per rimuovere sabbia, limo e altri solidi sospesi che potrebbero danneggiare i componenti interni o ridurre le prestazioni.

Il biofouling si verifica quando microrganismi, come batteri, alghe e funghi, si accumulano sulle superfici di scambio termico del condensatore. Se non controllati, questi microrganismi possono formare un biofilm, che agisce come uno strato isolante che compromette significativamente il trasferimento di calore. Il biofilm favorisce inoltre la corrosione e l'intasamento, diminuendo ulteriormente l'efficienza del sistema. Il biofouling è più comune nei sistemi che utilizzano acque superficiali (fiumi, laghi o acqua di mare) che hanno livelli più elevati di materiale organico. La crescita delle alghe è particolarmente problematica perché può bloccare il flusso d’acqua e portare ad un aumento del consumo energetico poiché il sistema compensa la ridotta efficienza del trasferimento di calore. Per combattere il biofouling, i sistemi di trattamento dell’acqua spesso includono biocidi chimici (come composti a base di cloro, bromo o rame) che uccidono i microrganismi prima che possano stabilire un biofilm. Il trattamento con luce ultravioletta (UV) è un'altra opzione ecologica per prevenire la crescita microbica.